曾经就职于北京大学人民医院泌尿外科，担任科副主任、主任医师、教授。2004年底调入首都医科大学，任首都医科大学泌尿外科研究所副所长、北京朝阳医院泌尿肾病诊疗中心主任兼泌尿外科主任，博士生导师;学术兼职包括中国肾移植科学登记系统管理委员会副秘书长、中华医学会器官移植分会委员、北京医学会器官移植分会常委、中华医学会及朝阳区医学会医疗事故鉴定委员会专家;担任《ChineseMedicalJournal》、《中华泌尿外科杂志》、《中华外科杂志》、《中华全科医师杂志》《中华干细胞与移植杂志》、《移植杂志》等多种杂志编委，《国际移植与血液净化杂志》副总编。现主要从事肾移植及普通泌尿外科临床、科研及教学工作。作为泌尿外科及器官移植的学科带头人，他带领一支团结、勤奋、学术性很强的医疗团队。近些年来，他们完成肾移植1000例以上，总计完成3000余例，其中包括240例亲属活体肾移植。特别是，近2年他们针对我国等待移植患者中有相当比例的患者为致敏者(体内预存抗体>20%)，开展了术前脱敏治疗，并已完成了50例的致敏患者肾移植整体治疗的临床研究，此研究得到国内外同行的认可。2011年在国家自然科学基金的资助下，张小东教授及其研究小组深入的研究了免疫耐受在器官移植患者中的作用。他们与国内外同行共同编写了《肾移植治疗学》。他曾经长期担任国际神经泌尿学会亚洲执行委员，在国内进行了大量的排尿功能障碍、尿失禁的治疗与研究，出版了《尿动力学》。张小东教授的临床工作一直涉及腔镜及微创技术，他累计完成了经尿道前列腺、膀胱手术数千例，近年来，采用腹腔镜手术完成了大量泌尿外科手术，其中包括，活体供肾切取术、肾癌根治术、前列腺癌根治术、肾上腺肿瘤切除术、输尿管切开取石术等。张小东教授参与编写了《黄家驷外科学》、《吴阶平泌尿外科学》等本领域的巨著，已经累计完成学术论文100余篇。